マリュー、キラ、バルドフェルド、カガリは操作不可。
イクサー1はイベントまで合体不可。
イクサー2を倒すとイクサー2(イクサーΣ)として再登場。イクサー1もイクサーロボに搭乗する。
すべての敵を倒すとクリア。
| マップ登場敵キャラ原作名 | |
| 戦え!!イクサー1 | |
| 戦闘前会話 | |
| 味方 | 敵 |
| 甲児、豹馬、健一、シン、杏奈、アルト、葵、イクサー1、主人公 | イクサー2 |
| イクサー1(イクサーロボ) | イクサー2(イクサーΣ) |
| 入手可能アイテム | |
| 場所、又は敵 | 入手アイテム |
| クリア後 | 資金18000 援護防御Lv+1 Eセーブ 防御+10 命中+10 |
| 強制出撃 | |
| パイロット名 | ユニット名 |
| マリュー | アークエンジェル |
| タリア | ミネルバ |
| ジェフリー | マクロス・クォーター要塞艦型 |
| イクサー1 | イクサー1 |
| キラ | フリーダムガンダム |
| バルドフェルド | ムラサメMA |
| カガリ | エールストライクルージュ |
| アスラン | ブレイズザクファントム |
| シン | フォースインパルスガンダム |
| レイ | ブレイズザクファントム |
| ディアッカ | ガナーザクウォーリア |
| ハイネ | グフイグナイテッド |
| ルナマリア | ガナーザクウォーリア |
| 他18機 | |